Cơ cấu tổ chức của Nhật Cường Software được tổ chức thành 4 khối lớn, thực hiện công việc chuyên biệt, hợp tác và hỗ trợ lẫn nhau: Khối Hỗ trợ, Khối Công nghệ, Khối Dự án, Khối Kinh doanh.

- Khối Hỗ trợ: Phụ trách các công việc liên quan đến thủ tục hành chính, tài chính kế toán, truyền thông Marketing và quản lý chất lượng hệ thống, quy trình dự án.

- Khối Công nghệ: Nghiên cứu phát triển công nghệ thiết kế, thi công triển khai các chức năng trên Web, Mobile, tuyển dụng và đạo tạo nhân sự lập trình, thực hiện các dự án nhỏ theo yêu cầu. Đảm bảo an ninh mạng cho hệ thống.

- Khối Dự án: Tổ chức triển khai và quản lý các dự án về ERP, dịch vụ công, y tế, văn phòng điện tử…

- Khối Kinh doanh: Thực hiện các nhiệm vụ kinh doanh, bán sản phẩm, xây dựng hồ sơ thầu, quản lý quan hệ với đối tác và nhà cung cấp.